Cílem OP JAK je podpora rozvoje otevřené a vzdělané společnosti založené na znalostech a dovednostech, rovných příležitostech a rozvíjející potenciál každého jednotlivce, která povede k růstu konkurenceschopnosti České republiky a zlepšení životních podmínek jejích obyvatel.
Jan Amos Komenský patří k největším pansofistům a filozofům Evropy. Zdůrazňoval, že vzdělávání je nikdy nekončící proces a že je třeba se mu celoživotně věnovat. Operační program Jan Amos Komenský (OP JAK) z tohoto předpokladu vychází a klade důraz na nezbytnost nabytí kompetencí k celoživotnímu vzdělávání, díky kterým člověk dosáhne maximalizace svého potenciálu a dlouhodobé uplatnitelnosti ve společnosti. Komenského myšlenky jsou o to naléhavější, o co rychleji se svět mění. Doba, v níž žijeme, je stále komplexnější a klade na nás nové nároky související s nastoupivším obdobím digitalizace, robotizace, klimatických a společenských změn. Jsme jejich součástí a hledáme východiska nejen pro jednotlivce, ale i pro společnost a lidstvo.
Struktura OP JAK reflektuje prioritní témata financovaná ze strukturálních fondů Evropské unie v programovém období 2021–2027 a zkušenosti z předchozích operačních programů v gesci Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy. V případě hraničních oblastí a možných synergií vede MŠMT průběžnou diskusi se všemi relevantními aktéry (zejména Ministerstvo průmyslu a obchodu, Ministerstvo práce a sociálních věcí a Ministerstvo pro místní rozvoj). Základním východiskem pro vyjednávání je nastavení hraničních oblastí v rámci Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání.